樂氏祖籍浙江寧波，明朝永樂年間遷至北京，最初以搖串鈴走街串巷行醫、賣小藥維持生活。其後世樂顯揚當了太醫院吏目，康熙八年（1669年）創辦「同仁堂藥室」，以「製藥一絲不苟，賣藥貨真價實」為宗旨，藥方來自民間驗方、宮廷秘方。其子樂鳳鳴接續祖業，1702年遷舖至前門大柵欄路南，總結前人製藥經驗，完成《樂氏世代祖傳丸散膏丹下料配方》一書，明確提出了「遵肘後，辨地產，炮製雖繁必不敢省人工，品味雖貴必不敢減物力」的訓條，樹立「修合無人見，存心有天知」的意識。

1723年	清朝雍正帝欽定同仁堂供奉清宮御藥房。其後同仁堂獨辦官藥188年，歷經八代皇帝。自製名藥有安宮牛黃丸、牛黃清心丸、烏雞白鳳丸等。
1907年	同仁堂樂氏第十二代子孫樂達聰在濟南魏家莊創建宏濟堂，與北京「同仁堂」、杭州「胡慶餘堂」並譽為中國「三大名藥店」。
1954年	同仁堂實行公私合營，總經理為第十三代子孫樂松生。
1955年	樂松生受到毛澤東和周恩來的接見。
1957年	同仁堂成立「同仁堂中藥提煉廠」。
1991年	同仁堂晉升為國家一級企業。
1998年	中國全國總工會授予同仁堂「全國五一獎狀」。
1997年	同仁堂在上海證券交易所上市。
1999年	同仁堂成立「同仁堂發展委員會」。
2000年10月	同仁堂分拆同仁堂科技在香港創業板上市。
2011年	台灣上櫃公司眾星國際代銷同仁堂中藥酒。
2016年1月26日	同仁堂黨委書記、董事長梅群表示在十三五期間，同仁堂所有製藥工廠將遷往河北和安徽亳州，而北京只保留同仁堂總部和少數項目。

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